国又は公共団体の機関相互間における権限の存否又はその行使に関する紛争についての訴訟を機関訴訟という。

行政事件訴訟法6条は機関訴訟を「国又は公共団体の機関相互間における権限の存否又はその行使に関する紛争についての訴訟」と定義する。地方公共団体の議会と長の紛争や、国の関与に対する地方公共団体の訴え(地方自治法251条の5等)が例である。