都道府県の関与に関する市町村との紛争や、地方公共団体相互間の紛争は、自治紛争処理委員による調停・審査の対象となり、自治紛争処理委員は事件ごとに総務大臣または都道府県知事が任命する。

自治紛争処理委員は3人で、事件ごとに総務大臣または都道府県知事が任命する（地方自治法251条1項・2項）。都道府県の関与に関する審査の申出や地方公共団体間の紛争の調停等を担う常設機関ではない点が委員会との違いである。