国地方係争処理委員会は、自治事務に関する国の関与については違法性のみを審査し、不当性については審査することができない。

委員会は、自治事務に関する関与については違法のみならず普通地方公共団体の自主性・自立性を尊重する観点から不当であるかどうかも審査する。これに対し法定受託事務に関する関与については違法性のみを審査する（地方自治法250条の14第1項・2項）。