国の補充的指示は、目的を達成するために必要な最小限度の範囲で、地方公共団体の自主性及び自立性に配慮して行われる必要があるとされている。

地方自治法245条の4の2第1項（令和6年改正で新設）は、国の補充的指示について「目的を達成するため必要な最小限度」かつ「地方公共団体の自主性及び自立性に配慮」して行う旨を明文で規定している。総務省通知（令和6年8月5日）もこの運用の考え方を示している。