国と都道府県との間の紛争については国地方係争処理委員会に対し、国と市町村との間の紛争については自治紛争処理委員に対し、それぞれ審査の申出をすることとされている。

国と地方公共団体との間で紛争が生じた場合、国地方係争処理委員会へ審査の申出を行うことが認められている（地方自治法250条の13）ので、国と市町村との間の紛争についても、国と都道府県との間の紛争のケースと同じく、自治紛争処理委員ではなく国地方係争処理委員会への審査の申出によることになる。なお、都道府県と市町村との争いについては、総務大臣に対して自治紛争処理委員による審査に付すよう申し出る扱いとなる（251条の3第1項）。