主務大臣は、所管する法律に係る都道府県知事の法定受託事務の処理が法令に違反していると認める場合、当該知事に対し、期限を付して違反の是正を勧告し、なおこれに従わないときは指示を行うことができる。それでもなお当該知事が期限内に当該事項を処理しないときは、主務大臣は地方裁判所に出訴し、当該事項を行うべき旨を命ずる裁判を求めることができる。

各大臣は、その所管する法令(法律、法律に基づく政令)にかかわる都道府県知事の法定受託事務の執行が法令の規定に違反している場合において、その是正を図ることが困難であり、かつ、これを放置することによって著しく公益を害することが明らかであるときは、文書をもって、当該都道府県知事に対し、その旨を指摘したうえで、期限を付して当該違反の是正を勧告することができ(地方自治法245条の8第1項)、都道府県知事が当該期限までに勧告に係る事項を実施しないときは、文書により期限を定めて当該事項を実施すべき旨を指示することができるが(245条の8第2項)、都道府県知事が期限を経過してもなお当該事項を実施しないときは、「高等裁判所」に対して、訴えをもって当該事項を行うべきことを命ずる旨の裁判を求めることができる(245条の8第3項)。