包括外部監査制度を導入している地方公共団体においては、個別外部監査制度を導入することは認められない。

個別外部監査制度については、条例の定めにより任意で導入することが認められており、すでに包括外部監査制度を採用している地方公共団体においても、条例によって個別外部監査制度を併せて導入することが可能である（地方自治法252条の27第3項）。