かつて抗告訴訟の被告となるのは行政庁であったところ、平成16年の法改正後は、国家賠償法の場合と同じく、国もしくは公共団体を被告とする扱いに改められた。

原告が被告適格を有する行政庁を特定する際の負担を軽くする目的で、平成16年改正に伴い、国または公共団体を被告とする扱いに改められた(行政事件訴訟法11条1項)。