事実上の行為に係る審査請求に理由があると認められる場合において、処分庁以外の審査庁が当該処分庁の上級行政庁に当たるときは、当該審査庁は、処分庁に対し、当該事実上の行為の全部もしくは一部を撤廃し又は変更すべき旨を命ずる措置をとり、あわせて裁決においてその旨を宣言する。

事実上の行為に係る審査請求に理由が認められる場合、審査庁は、裁決によって、当該事実上の行為が違法又は不当である旨を宣言したうえで、審査庁自身が処分庁であるときは、自らの権限に基づき当該事実上の行為の全部もしくは一部の撤廃又は変更を行う措置をとり、処分庁以外で上級行政庁に当たるときは、当該処分庁に対して、指揮監督権の行使として事実上の行為の全部もしくは一部の撤廃又は変更を命じる措置をとることになる（行政不服審査法47条本文）。もっとも、上級行政庁でない場合には、変更を命じることはできない（同条ただし書）。