行政行為の撤回が、瑕疵なく成立した行為について行われるのに対して、行政行為の取消しは、その成立に瑕疵がある場合に行われる。

行政行為の取消しと撤回は、当該行政行為の成立時点で瑕疵があったかどうかという観点から区別される。すなわち、行政行為の取消しは、その行政行為に「成立当初から」瑕疵が存在することを前提とするものであるのに対し、行政行為の撤回は、行政行為自体は瑕疵なく適法に成立したものの、「事後的な事情の変化」により、その法律関係をそのまま維持することが適当でない状況が生じた場合になされるものである。