内閣府に設置される内閣府の長たる内閣官房長官は、内閣府の命令として内閣府令を発することができる。

内閣府設置法6条1項により、内閣府の長は「内閣総理大臣」とされている。そして、同法7条3項に基づき、内閣総理大臣は、内閣府に係る主任の行政事務に関して、法律もしくは政令を施行するため、又は法律もしくは政令の特別の委任に基づいて、内閣府の命令である内閣府令を発することができる。