内閣総理大臣が行政各部に対して指揮監督権を行使するに当たっては、閣議にかけて決定された方針の存在が必要となるが、そのような方針が存在しない場合であっても、内閣総理大臣は、少なくとも内閣の明示の意思に反しない範囲において、行政各部に対し、その所掌事務につき一定の方向で処理するよう、随時、指導、助言等の指示を与える権限を有している。

判例(最大判平7.2.22:ロッキード事件丸紅ルート)は、内閣総理大臣の地位及び権限を踏まえ、本肢のとおり判示している。すなわち、内閣総理大臣は、憲法上、国務大臣の任免権(憲法68条)を有し、また内閣を代表して行政各部を指揮監督する職務権限(憲法72条)を有するなど、内閣を統率するとともに行政各部を統轄調整する地位にある。そして内閣法においても、閣議は内閣総理大臣が主宰すると規定され(内閣法4条)、内閣総理大臣は、閣議にかけて決定した方針に基づき行政各部を指揮監督するとともに(内閣法6条)、行政各部の処分又は命令を中止させることができるものとされている(内閣法8条)。