憲法20条3項は、国家と宗教との関わり合いが、その目的および効果に照らして相当とされる限度を逸脱した場合にこれを禁ずる趣旨であるから、国公立の学校において、真摯な信仰上の理由により体育の実技科目を履修することができない生徒に対し代替的な措置を講ずることまで一律に禁じているものではない。

信仰を理由に剣道の体育実技への参加を拒んだ学生を退学処分とした事案について、判例(最判平8.3.8)は、公立学校が当該学生に対しレポート提出などの代替措置を講じることは、その目的の点で宗教的意義を持つものではなく、特定の宗教を援助、助長、促進する効果があるとはいえず、また他の宗教の信者や無宗教者に圧迫、干渉を及ぼす効果があるともいえないから、憲法20条3項に反するものではなく、許容されるとしている。